金税工程一期
从1994年到1998年，增值税交叉稽核系统（该系统主要采用企业提供增值税专用发票，有税务机关组织手工录入的方式进行数据采集）和增值税防伪税控系统在全国范围内进行推广使用。
金税工程二期
从1998年到2003年底，金税工程二期实施并取得阶段性成果。二期间的主要实施步骤如下：
1、在全国范围内建立覆盖总局、省局、地（市）局、县（区）局的四级交叉稽核；把稽核和防伪税控原本相互独立的系统捆绑在一起运行，做到数据共享、功能互补，解决交叉稽核中由于人工录入数据造成的数据错误；同时把海关增值税完税凭证纳入金税工程管理。
2、将增值税征管各环节都放在网络上运行，尤其要采集纳税人的增值税申报信息和税款缴纳信息，以此对纳税人进行纳税评估和监控。
二期取得的主要成果是增值税交叉稽核系统和发票协查系统在全国范围内联网运行；防伪税控认证子系统在全国范围内推广运行，防伪税控开票子系统已经大规模推广。
金税工程三期
金税三期的功能定位是，以税收征管业务为主体，也包括税务机关的行政管理，全面覆盖全国各级国、地税机关的征收管理过程。同时，金税工程适应国税、地税之间信息共享的需要，实现地市、省局和国家税务总局对征管全过程的即时监控，并满足纳税人多元化申报缴纳税款。金税工程三期征管业务系统（CTAIS）包括管理、征收、稽查、处罚、执行、救济、监控７个子系统，共有３６个功能模块。这些功能模块将实现标准化、构件化。按照国务院关于建设电子政府的统一要求，尽早建设金税工程三期，可使税务机关实现与工商、银行、海关、外贸、质监、公安等部门的联网运行，及早完成税收征管业务的财、税、库联网，信息共享，为纳税人提供更加便捷、有效的纳税服务。金税工程三期在满足地税系统现有征管需要的同时，也满足地方税务机关对社保、农税和其他基金的征管需要。金税工程三期的工程进度计划是从２００２年到２００６年，约５年的时间。
